Il museo sorge all’interno della “barchessa” (un edificio di servizio tipico delle ville venete) della stupenda Villa Badoer, unico esempio di villa progettata dal celebre architetto Andrea Palladio in territorio polesano e patrimonio dell’umanità dell’UNESCO. La collezione, organizzata su due differenti piani, presenta i risultati di oltre quarant’anni di ricerche archeologiche condotte nel territorio del medio Polesine, con particolare attenzione all’abitato di Frattesina, un antico villaggio sorto oltre 3000 anni fa.